Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистских сил. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему отчиму — капитану Видалю. Этот безжалостный офицер армии Франко готов на всё, чтобы уничтожить повстанцев в регионе. Вдали от дома Офелия находит древний заброшенный лабиринт, где встречает волшебную фею, которая приводит её к его центру.
Там девочка знакомится с таинственным Фавном, хранителем подземного мира. Он открывает ей удивительную тайну: Офелия — давно потерянная принцесса магического королевства, разыскиваемая своим отцом целые столетия. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого она должна выполнить три трудных испытания до полнолуния. Главное условие — никто не должен узнать о её миссии.